1997——幽靈公主
《幽靈公主》是吉卜力工作室於1997年推出的一部動畫電影。《幽靈公主》傳承自宮崎駿長久以來關於人與自然之間的深邃思考。影片不拘泥於人類對環境的破壞，而是從人與自然之間無從化解的天然矛盾出發，通過人類自身的生存角度，探尋人類與自然是否能夠真正實現和諧共存這一終極命題。《幽靈公主》的背景設定在日本的室町時代，這是中古時代進入近代的一段轉變期，征夷大將軍的權勢大幅的衰弱。
1999——鄰居家的山田君
《我的鄰居山田君》是由吉卜力工作室製作，高畑勛執導，宇野尚美、益岡徹、荒木雅子、五十畑迅人等配音的家庭喜劇類動畫電影。
影片改編自石井壽一四格漫畫，講述平凡家庭山田一家人日常生活里的各種趣事。影片於1999年7月17日於日本首映。在同年獲選為第3回文部省文化廳媒體藝術祭動畫部門優秀獎。
2001——千與千尋的神隱
《千與千尋》是宮崎駿執導、編劇，吉卜力工作室製作的動畫電影，影片於2001年7月20日在日本正式上映，講述了少女千尋意外來到神靈異世界後發生的故事。
該片榮獲2003年奧斯卡金像獎最佳長篇動畫，同時也是歷史上第一部至今也是唯一一部以電影身份獲得歐洲三大電影節德國柏林電影節金熊的動畫作品。
2002——貓的報恩
《貓的報恩》(貓の恩返し)是吉卜力工作室2002年推出的一部動畫電影。故事改編自漫畫家柊葵的漫畫。
《貓的報恩》可以說是《側耳傾聽》的番外篇，主角正是《側耳傾聽》里神秘帥氣的貓男爵以及那位胖胖的、神出鬼沒的大白貓，女主角小春是一位普通的中學生，善良的她從車輪下救了一隻貓的性命，這奇怪的機遇，使她開始變得勇敢、自信起來。
2002——哈爾的移動之城
《哈爾的移動城堡》，是宮崎駿繼動畫電影《千與千尋》之後，在2004年冬推出的作品。該片改編自英國的兒童小說家黛安娜·W·瓊斯的《魔法師哈威爾與火之惡魔》。這是繼1990年《魔女宅急便》後，宮崎駿又一部帶有濃厚原著色彩的作品。