保固期內發現瑕疵應由廠商於機關指定之期限內負責免費無條件改正｡逾期不為改正者按主管機關訂頒工程採購契約範本之內容機關採行下列措施何者最不適當

最不適當的措施是：

根據工程採購契約範本的規定，對廠商進行罰款或處罰。

因為問題中提到的是在保固期內發現瑕疵，廠商應該負責在指定期限內免費改正。如果逾期未改正，主管機關可以採取其他措施，但罰款或處罰不是最合適的措施。