什麼是dna/dna雙鏈體最近鄰參數

DNA/DNA雙鏈體最近鄰參數（Nearest Neighbor Parameters for DNA/DNA Duplexes）是一組用來描述DNA雙螺旋結構中核苷酸對之間相互作用的參數。這些參數可以用來預測DNA序列的變性溫度（ melting temperature, Tm），即DNA雙鏈解開成單鏈的溫度，以及雙鏈穩定性的變化。

DNA雙螺旋結構是由兩條反向平行的核苷酸鏈通過氫鍵相互作用形成的。在雙螺旋中，腺嘌呤（A）與胸腺嘧啶（T）配對，而鳥嘌呤（G）與胞嘧啶（C）配對。不同的核苷酸對之間的氫鍵數量不同，這導致了不同的穩定性。A-T對有兩個氫鍵，而G-C對有三個氫鍵，因此G-C對通常比A-T對更穩定。

最近鄰參數是由SantaLucia Jr.等人提出的，它們描述了不同核苷酸對在雙鏈DNA中相鄰時的自由能變化。這些參數包括了六個基本參數，分別是AA、TT、GG、CC、GC和CG。這些參數可以用來計算任意DNA序列的Tm值。

例如，一個DNA序列的Tm值可以通過以下公式估算：

Tm ≈ 4(A + T) + 2(G + C)

其中A和T分別代表腺嘌呤和胸腺嘧啶的摩爾濃度，G和C分別代表鳥嘌呤和胞嘧啶的摩爾濃度。這個公式是基於平均值，並不考慮最近鄰效應。如果需要更精確的估計，可以使用最近鄰參數來計算每一個核苷酸對的自由能變化，然後累加得到整個序列的自由能變化，從而估算Tm值。

需要注意的是，最近鄰參數是在特定條件下測定的，包括pH、離子強度和溫度等。這些條件會影響DNA雙螺旋的穩定性，因此在不同的實驗條件下，可能需要對這些參數進行調整。